En el quinto partido, un tiro de Derek Fisher en la bocina para ganar el encuentro salvó la eliminatoria y los Lakers, tras batir a los Timberwolves en las Finales de Conferencia, entraron a las Finales de la NBA. Bryant, con un triple en la bocina en el segundo partido, envió el partido a la prórroga para ganar el único partido de la serie. En el decisivo partido final, Bryant consiguió 23 puntos y 15 rebotes y logró así su quinto campeonato y su segundo trofeo de mejor jugador de las Finales. En el primer partido de las Semifinales de la Conferencia Oeste frente a Utah Jazz, lanzó 23 tiros libres, de los cuales logró encestar 21, lo que lo convirtió también en el jugador de los Lakers con más tiros libres anotados e intentados en un juego. Ya en los playoffs, los Lakers se enfrentaron a los Utah Jazz, a los que vencieron con relativa comodidad por 4-1. Posteriormente se enfrentaron a los Houston Rockets, con los que necesitaron siete partidos para superarlos. También en enero, Bryant se convirtió en el único jugador desde 1964 en anotar 45 puntos o más en cuatro partidos consecutivos (solo Chamberlain y Baylor lo habían logrado).
Días después fue seleccionado para disputar su decimotercer All-Star Game consecutivo, en el que logró 37 puntos, 14 rebotes y 3 robos de balón, y consiguió obtener su cuarto trofeo de mejor jugador del partido, con lo que igualó la marca del miembro del Basketball Hall of Fame Bob Pettit. A lo largo de la temporada, pasó del decimosegundo al sexto puesto en la lista de máximos anotadores de la historia de la NBA, logrando adelantar a John Havlicek, Dominique Wilkins, Oscar Robertson, Hakeem Olajuwon, Elvin Hayes y Moses Malone. Acabó con 937 puntos su periplo en las finales NBA siendo el décimo en la lista. El 23 de marzo, en el partido que les enfrentaba a New Orleans Hornets, Bryant anotó 50 puntos y resultó ser el segundo jugador en la historia de la liga que consigue anotar 50 puntos o más en cuatro encuentros seguidos detrás de Wilt Chamberlain, quien consiguió hacerlo en siete partidos consecutivos en dos ocasiones.
Bryant finalizó en el cuarto puesto en la votación para el MVP de la Temporada, superado por segundo año consecutivo por el base Steve Nash de Phoenix Suns. Bryant finalizó la temporada con diez partidos con 50 o más puntos en su cuenta particular (único jugador en lograrlo junto con Chamberlain), lo que le valió su segundo título de máximo anotador de la liga. 1 de febrero superó, con más de 25 208 puntos, al legendario Jerry West como máximo anotador de la franquicia angelina. Los 35,4 puntos por partido de Bryant le valieron para ser el máximo anotador de la liga por primera vez. El resultado estuvo igualado durante todo el partido pero siempre con ventajas de los estadounidenses, quienes finalmente se hicieron con la medalla de oro al ganar 118-107. Era la primera vez que Estados Unidos se hacía con la victoria en unos Juegos desde los de 2000 en Sídney.
En 1980, Nike había alcanzado una cuota de mercado del 50% en el mercado de calzado deportivo de Estados Unidos, y la compañía se hizo pública en diciembre de ese año. El 12 de abril faltando 2 partidos de la temporada regular sufrió la peor lesión de su carrera como consecuencia de la cantidad de minutos que su entrenador D’Antoni le daba por partido, su tendón de Aquiles se rompió parcialmente pero pese a ello salió a pista lesionado, lanzó los dos tiros libres que le quedaban pendientes y se fue a vestuarios andando por su propio pie, tuvo que pasar por quirófano y se perdió el resto de la temporada, desde ese 12 de abril comenzó una recuperación de 9 meses para volver a jugar la siguiente campaña. Durante esta temporada Kobe Bryant tuvo una media de 33,9 minutos en pista, menos de lo habitual en las últimas temporadas para llegar más descansado de cara a la recta final de la temporada. Su asociación con Shaquille O’Neal resultó formar un tándem imparable; los Lakers arrasaron en la temporada regular con un récord de 67-15, y llegaron en playoffs hasta las Finales de la NBA tras eliminar a Sacramento Kings, Phoenix Suns y Portland Trail Blazers.